【docker内】
まずは下記のコマンドで新しいフォルダを創作して下さい。
mkdir -p storage/backup/{file,mysql}

【docker外】
「crontab -e」を実行すると、下記の行列を追加して下さい。
0 0,12 * * * /usr/bin/docker cp 3463d3554a6f:/work/storage/backup/mysql/ /var/www/html/kikikanri/backup